Madrasatul Qur’an atau yang dikenal dengan istilah MQ merupakan sebuah program pendidikan Islam di Pondok Pesantren Bustanu ‘Usysyaqil Qur’an yang berfokus pada pendalaman Al-Qur’an.
Program MQ menjadi sebuah wadah bagi santri yang telah mengabdikan diri untuk menghafalkan Al-Qur’an (tahfidzul qur’an). Sebagaimana yang telah tersebut dalam namanya, Pondok Pesantren Bustanu ‘Usysyaqil Qur’an adalah pondok yang mendominasi pengajarannya ke arah Al-Qur’an, yaitu mempelajari cara baca hingga mendalami makna dan mengimplementasikan Al-Qur’an dalam kehidupan sehari-hari.
Santri Pondok Pesantren Bustanu ‘Usysyaqil Qur’an yang mengikuti program MQ memiliki waktu jauh lebih banyak untuk mempelajari Al-Qur’an, baik dalam nderes, muroja’ah, dan ziyadah-nya. Kegiatan MQ bersamaan dengan kegiatan MISRIU, yaitu mulai pukul 20.00 hingga selesai. Dimana santri MQ tidak mengikuti pengajian kitab di kelas MISRIU, akan tetapi tetap diberi kewajiban mengkaji kitab yang menjadi rutinan pondok di luar kelas MISRIU.
Program MQ tidak hanya diikuti oleh santri Mukim saja, akan tetapi terdapat juga santri laju yang berasal dari beberapa kalangan, baik anak sekolah, mahasiswa, bahkan sampai bapak dan ibu yang sudah berkeluarga. Mereka menyempatkan waktu untuk menghafal dan mempelajari Al-Qur'an lebih dalam di Pondok Pesantren Bustanu 'Usysyaqil Qur'an Gentan
Adapun tujuan dari program MQ di Pondok Pesantren Bustanu ‘Usysyaqil Qur’an adalah untuk menciptakan santri Qur’ani yang hamalatul qur’an lafdhon, ma’nan wa ‘amalan. Dengan adanya program MQ, santri mampu menjadi generasi yang berjiwa Qur’ani dengan tidak hanya menghafal Al-Qur’an dalam lafadznya saja, namun juga mampu memahami makna serta mengamalkannya.